Ochrona lasu jest w Nadleśnictwie zagadnieniem najwyższej wagi z racji stałego oddziaływania następujących czynników zagrażających trwałości lasów:

1. zanieczyszczenia przemysłowe - całość lasów znajduje się w I i II strefie uszkodzeń przemysłowych.
 

2. warunki klimatyczne:

• wiatry - powodują w drzewostanach liczne złomy i wywroty,
• okiść,
• przymrozki wczesne i późne.

3. szkodniki owadzie:

• w uprawach i młodnikach brzozowych - naliścica wierzbowa
• w drzewostanach świerkowych młodszych klas wieku - rytownik pospolity,
• w starszych świerczynach: kornik drukarz, kornik drukarczyk, zasnuja świerkowa.

Nękającymi żerami osłabiają one i zabijają drzewa.

W celu określenia stopnia zagrożenia od szkodników owadzich wykonuje się prace z zakresu prognozowania:

• poszukiwanie w glebie zasnuji świerkowej,
• pędraków - w szkółce,
• obserwację pułapek chwytających: brudnicę mniszkę, wskaźnicę modrzewianeczkę, kornika drukarza, szeliniaka i kluka.

Zespół robotników trocinkarzy w okresie od maja do października każdego roku wyszukuje i wyznacza do ścinki drzewa świerkowe opanowane przez korniki. Stale prowadzi się odławianie korników w pułapki feromonowe.

4. zwierzyna leśna - jelenie i sarny wyrządzają szkody w uprawach zgryzając sadzonki. Jelenie spałują, czyli obdzierają korę z drzew stojących lub leżących.

Dla ograniczenia szkód od jeleniowatych stosuje:

• Grodzenie siatką łowiecką upraw,
• smarowanie sadzonek oraz drzew repelentami w celu zniechęcenia zwierzyny do zgryzania,
• Wykładanie drzew zgryzowych

5. grzyby pasożytnicze: opieńka miodowa i huba korzeni.

Ochrona lasu to także ochrona przeciwpożarowa.

Nasze nadleśnictwo zaliczone jest do II kategorii zagrożenia pożarowego. Ilość i powierzchnia pożarów jest niewielka, do kilku pożarów rocznie, głównie powodowanych przez nieostrożnych turystów.

Do czynników kształtujących zagrożenie pożarowe obszarów leśnych nadleśnictwa należą:

• skład gatunkowy drzewostanów oraz ich wiek ,
• rodzaj pokrywy glebowej,
• atrakcyjność turystyczna. 

Nadleśnictwo Szklarska Poręba jako jednostka organizacyjna Lasów Państwowych jest częścią systemu alarmowo - dyspozycyjnego RDLP Wrocław - tworzy w nim punkt alarmowo - dyspozycyjny (PAD).