Nadleśnictwo znajduje się w zasięgu pięciu obszarów NATURA 2000. Są to:

1. Karkonosze PLB020007, obszar specjalnej ochrony ptaków o całkowitej powierzchni 15578,4 ha,w tym 3596,22 ha na gruntach zarządzanych przez Nadleśnictwo Szklarska Poręba. Sklasyfikowany jako OSO w październiku 2007 r. Obszar ma znaczenie dla ochrony następujących gatunków ptaków, wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Rady 79/409/EWG: bielik, sokół wędrowny, jarząbek, głuszec, puchacz, sóweczka, włochatka, dzięcioł zielonosiwy, podróżniczek, muchołówka mała, muchołówka białoszyja, cietrzew. Stanowiska lęgowe tych ptaków stwierdzono przede wszystkim w Karkonoskim Parku Narodowym, jednakże puchacz, cietrzew, bielik, sóweczka i włochatka gniazdują również w lasach nadleśnictwa.

                                                                                                                                                                                                     
2. Góry Izerskie PLB020009 - od stycznia 2011r. jest projektowanym obszarem specjalnej ochrony ptaków o całkowitej powierzchni 20697,7 ha, z tego w zarządzie Nadleśnictwa Szklarska Poręba 9602,14 ha. Występujące na tym obszarze gatunki ptaków, wymienione w Załączniku I Dyrektywy Rady 79/409/EWG to: bocian czarny, trzmielojad, bielik, jarząbek, derkacz, żuraw, puchacz, sóweczka, włochatka, lelek, zimorodek, dzięcioł zielonosiwy, dzięcioł czarny, lerka, jarzębatka, muchołówka mała, gąsiorek, cietrzew.

3. Karkonosze PLH020006 - specjalny obszar ochrony siedlisk o powierzchni 18204,9 ha w tym 3485,09 ha na gruntach administrowanych przez Nadleśnictwo Szklarska Poręba. Zatwierdzony jako obszar o znaczeniu wspólnotowym w listopadzie 2007 r. W obszarze stwierdzono  następujące typy siedlisk wymienione w Załączniku I Dyrektywy Rady 92/43/EWG:

• 3110 Jeziora lobeliowe
• 4060 Wysokogórskie borówczyska bażynowe (Empetro-Vaccinietum)
• 4070 Zarośla kosodrzewiny (Pinetum mugo)
• 4080 Subalpejskie zarośla wierzbowe wierzby lapońskiej lub śląskiej (Salicetum lapponum, Salicetum silesiacae)
• 6150 Wysokogórskie murawy acidofilne (Juncion trifidi) i bezwapienne wyleżyska śnieżne (Salicion herbaceae)
• 6230 Górskie i niżowe murawy bliźniczkowe (Nardion - płaty bogate florystycznie)
• 6430 Ziołorośla górskie (Adenostylion alliariae) i ziołorośla nadrzeczne (Convolvuletalia sepium)
• 6510 Niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie (Arrhenatherion elatioris)
• 6520 Górskie łąki konietlicowe użytkowane ekstensywnie (Polygono-Trisetion)
• 7110 Torfowiska wysokie z roślinnością torfotwórczą (żywe)
• 7140 Torfowiska przejściowe i trzęsawiska (przeważnie z roślinnością z Scheuchzerio-Caricetea)
• 7150 Obniżenia na podłożu torfowym z roślinnością ze związku Rhynchosporion
• 7230 Górskie i nizinne torfowiska zasadowe o charakterze młak, turzycowisk i mechowisk
• 8110 Piargi i gołoborza krzemianowe
• 8220 Ściany skalne i urwiska krzemianowe ze zbiorowiskami z Androsacion vandelii
• 8230 Pionierskie murawy na skałach krzemianowych (Arabidopsidion thalianae)
• 9110 Kwaśne buczyny (Luzulo-Fagenion)
• 9130 Żyzne buczyny (Dentario glandulosae-Fagenion, Galio odorati-Fagenion)
• 9170 Grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny (Galio-Carpinetum, Tilio-Carpinetum)
• 9180 Jaworzyny i lasy klonowo-lipowe na stokach i zboczach (Tilio plathyphyllis-Acerion pseudoplatani)
• 91D0 Bory i lasy bagienne (Vaccinio uliginosi-Betuletum pubescentis, Vaccinio uliginosi-Pinetum, Pino
• 91E0 Łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe (Salicetum albo-fragilis, Populetum albae, Alnenion
• 9410 Górskie bory świerkowe (Piceion abietis część - zbiorowiska górskie).

Największe bogactwo wymienionych siedlisk można podziwiać na terenie Karkonoskiego Parku Narodowego, jednakże niektóre cenne siedliska (np. łąki konietlicowe, torfowiska wysokie i przejściowe, kwaśne buczyny, ziołorośla nadrzeczne, górskie bory świerkowe) spotkamy także odwiedzając tereny Nadleśnictwa Szklarska Poręba.
            
4. Łąki Gór i Pogórza Izerskiego PLH020102 - specjalny obszar ochrony siedlisk, zatwierdzony w styczniu 2011 r. jako obszar o znaczeniu wspólnotowym. Obejmuje powierzchnię 6433,4 ha, w tym 831,10 ha to grunty w zarządzie nadleśnictwa. Stwierdzono tu  następujące typy siedlisk wymienione w Załączniku I Dyrektywy Rady 92/43/EWG:

• 6230 Górskie i niżowe murawy bliźniczkowe (Nardion - płaty bogate florystycznie)
• 6410 Zmiennowilgotne łąki trzęślicowe (Molinion)
• 6430 Ziołorośla górskie (Adenostylion alliariae) i ziołorośla nadrzeczne (Convolvuletalia sepium
• 6510 Niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie (Arrhenatherion elatioris)
• 6520 Górskie łąki konietlicowe użytkowane ekstensywnie (Polygono-Trisetion)
• 7230 Górskie i nizinne torfowiska zasadowe o charakterze młak, turzycowisk i mechowisk
• 8150 Środkowoeuropejskie wyżynne piargi i gołoborza krzemianowe
• 8220 Ściany skalne i urwiska krzemianowe ze zbiorowiskami z Androsacion vandelii
• 9170 Grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny (Galio-Carpinetum, Tilio-Carpinetum)
• 9180 Jaworzyny i lasy klonowo-lipowe na stokach i zboczach (Tilio plathyphyllis-Acerion pseudoplatani)
• 9190 Pomorski kwaśny las brzozowo-dębowy (Betulo-Quercetum)
• 91E0 Łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe (Salicetum albo-fragilis, Populetum albae, Alnenion

5. Torfowiska Gór Izerskich PLH020047 - specjalny obszar ochrony siedlisk o znaczeniu wspólnotowym, zatwierdzony w grudniu 2008 r. Obejmuje powierzchnię 4756 ha, z tego 2679,04 ha w zarządzie Nadlesnictwa Szklarska Poręba (pozostała część to obszar Nadleśnictwa Swieradów). Stwierdzono tu  liczne typy siedlisk wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Rady 92/43/EWG:

• 4070 Zarośla kosodrzewiny (Pinetum mugo)  
• 6230 Górskie i niżowe murawy bliźniczkowe (Nardion - płaty bogate florystycznie)
• 6410 Zmiennowilgotne łąki trzęślicowe (Molinion)
• 6430 Ziołorośla górskie (Adenostylion alliariae) i ziołorośla nadrzeczne (Convolvuletalia sepium
• 6520 Górskie łąki konietlicowe użytkowane ekstensywnie (Polygono-Trisetion)
• 7110 Torfowiska wysokie z roślinnością torfotwórczą (żywe)
• 7120 Torfowiska wysokie zdegradowane, lecz zdolne do naturalnej i stymulowanej regeneracji
• 7140 Torfowiska przejściowe i trzęsawiska (przeważnie z roślinnością z Scheuchzerio-Caricetea
• 8110 Piargi i gołoborza krzemianowe
• 9110 Kwaśne buczyny (Luzulo-Fagenion)
• 91D0 Bory i lasy bagienne (Vaccinio uliginosi-Betuletum pubescentis, Vaccinio uliginosi-Pinetum, Pino
• 9410 Górskie bory świerkowe (Piceion abietis część - zbiorowiska górskie)